Al igual que en su primer viaje a Costa Rica en enero del 2000, el Prelado quiso visitar a la Negrita, como cariñosamente llaman los ticos a la Virgen de los Ángeles.
El Padre -como miles de personas en muchos países se refieren al Prelado del Opus Dei- llegó alrededor de las 10:30 de la mañana a la Basílica. Pudo ver los gentíos de costarricenses que, por estar ya próxima la fiesta de la Virgen de los Ángeles, el 2 de agosto, se acercaban al santuario. Dentro de la Basílica, cientos de fieles saludaban a la Virgen y otros esperaban el inicio de la Misa programada para los fieles de una de las diócesis que ese día iban en peregrinación.
Al llegar el Padrele esperaba Mons. Ulloa, obispo de Cartago. Desde que el Padre se bajó del auto, varias personas que casualmente pasaban por la acera, al verlo se le acercaron para pedirle que les bendijera o que bendijera a su bebé.
Mons. Ulloa y el Padre subieron por la parte posterior de la Basílica y entraron directamente a Sacristía. El Padre pidió ir primero a la capilla del Santísimo. Entró junto a Mons. Ulloa y estuvieron rezando un buen rato frente al Sagrario. Seguidamente se dirigieron al presbiterio de la Basílicay se arrodillaron delante de la Negrita. El Padre estuvo rezando allí un buen rato.
Al retirarse, varias personas que trabajan en la Basílica y otros que se encontraban ahí para participar en diversas actividades organizadas por la festividad, se le acercaron, le saludaron y le pidieron una foto con él. Casi al final de su visita a la Basílica el Padre también saludó a Mons. Oscar Fernández, obispo de la Diócesis de Puntarenas. Al final se despidió de Mons. Ulloa y le agradeció sus atenciones.
Pocos días después el Prelado haría mención varias veces a la piedad de tantas personas que se acercan a la Virgen de los Ángeles y se refirió a la Romería al ver imágenes de la gran multitud de gentes dirigirse a Cartago el 1 de agosto por la noche, víspera de la Solemnidad.
De camino a San José, después de la visita a la Basílica, en un barrio de Tres Ríos, Cartago, el Padre hizo una breve escala en un cementerio donde están enterrados varios antiguos fieles del Opus Dei, entre ellos José Antonio Sauma, Ingeniero Químico, profesor universitario, uno de los primeros fieles de la Obra costarricense, que falleció hace un par de años. El Padre rezó un responso con los que le acompañaban en dos lugares distintos del cementerio.
Por la tarde el Prelado visitó a Mons. José Rafael Quirós, Arzobispo de San José. La reunión tuvo lugar en el Palacio Arzobispal. Estuvieron presentes varios sacerdotes de la Arquidiócesis. A Mons. Javier Echevarría le acompañaron Mons. Fernando Ocáriz, Vicario General de la Prelatura y Mons. Luis Baura, Vicario Regional del Opus Dei en Costa Rica.